Laboratorium perburuan virus Inggris berupaya meningkatkan jaringan varian global
Technology

Laboratorium perburuan virus Inggris berupaya meningkatkan jaringan varian global

LONDON – Pendingin udara terus-menerus berdengung di lab di Wellcome Sanger Institute, melawan panas yang dikeluarkan oleh deretan mesin pengurutan berteknologi tinggi yang bekerja tujuh hari seminggu menganalisis materi genetik kasus COVID-19 dari seluruh Inggris

Laboratorium adalah salah satu contoh bagaimana para ilmuwan Inggris mengembangkan proses pengurutan genom selama pandemi, memangkas waktu dan biaya yang diperlukan untuk menghasilkan sidik jari genetik unik untuk setiap kasus virus corona yang dianalisis. Itu menjadikan Inggris sebagai pemimpin dunia dalam pengurutan COVID-19, membantu otoritas kesehatan masyarakat melacak penyebaran varian baru, mengembangkan vaksin, dan memutuskan kapan harus memberlakukan penguncian.

Tetapi sekarang para peneliti di Sanger Institute di Cambridge dan laboratorium di seluruh Inggris memiliki misi baru: berbagi apa yang telah mereka pelajari dengan ilmuwan lain karena COVID-19 tidak mengenal batas negara.

Varian omicron yang sekarang memicu gelombang infeksi baru di seluruh dunia menunjukkan perlunya kerja sama global, kata Ewan Harrison, peneliti senior di Sanger. Omicron pertama kali diidentifikasi oleh para ilmuwan di Afrika selatan yang dengan cepat menerbitkan temuan mereka, memberikan waktu kepada otoritas kesehatan masyarakat di seluruh dunia untuk bersiap.

Iklan

Karena mutasi virus yang berbahaya dapat terjadi di mana saja, para ilmuwan harus memantau perkembangannya di mana-mana untuk melindungi semua orang, kata Harrison, menggambarkan kebutuhan untuk mempercepat vaksinasi di negara berkembang.

“Kita harus siap secara global,” katanya. “Kita tidak bisa begitu saja memasang pagar di sekitar satu negara atau bagian dunia, karena itu tidak akan memotongnya.”

Inggris menjadikan pengurutan sebagai prioritas di awal pandemi setelah Profesor Universitas Cambridge Sharon Peacock mengidentifikasi peran kunci yang dapat dimainkannya dalam memerangi virus dan memenangkan dana pemerintah untuk jaringan ilmuwan, laboratorium, dan pusat pengujian nasional yang dikenal sebagai COVID-19 Genomics UK Consortium . Hal ini memungkinkan Inggris untuk memobilisasi keahlian akademis dan ilmiah yang dibangun sejak peneliti Inggris pertama kali mengidentifikasi struktur kimia DNA pada tahun 1953.

Konsorsium sekarang mendukung upaya untuk meningkatkan upaya pengurutan global dengan program pelatihan yang berfokus pada peneliti di negara berkembang. Dengan pendanaan dari pemerintah Inggris, konsorsium dan Wellcome Connecting Science berencana menawarkan kursus online dalam pengambilan sampel, berbagi data, dan bekerja sama dengan lembaga kesehatan masyarakat untuk membantu para peneliti membangun program pengambilan sampel nasional.

Iklan

“Ada ketidakadilan dalam akses ke pengurutan di seluruh dunia, dan (proyek) berkomitmen untuk berkontribusi terhadap upaya yang menutup kesenjangan ini,” kata kelompok itu, mengumumkan rencana untuk menawarkan kursus pertama awal tahun ini.

Dengan mengurutkan sebanyak mungkin kasus positif, peneliti berharap untuk mengidentifikasi varian kekhawatiran secepat mungkin, kemudian melacak penyebarannya untuk memberikan peringatan dini bagi petugas kesehatan.

Inggris telah memasok lebih banyak urutan COVID-19 ke clearinghouse global daripada negara mana pun selain AS dan telah mengurutkan persentase kasusnya yang lebih besar daripada negara besar mana pun di seluruh dunia.

Para peneliti di Inggris telah mengirimkan 1,68 juta urutan, mencakup 11,7% dari kasus yang dilaporkan, menurut data yang dikumpulkan oleh GISAID, yang mempromosikan berbagi informasi secara cepat tentang COVID-19 dan flu. AS telah memasok 2,22 juta urutan, atau 3,8% dari kasus yang dilaporkan.

Sebagian besar negara melakukan beberapa pengurutan tetapi volume dan kecepatannya sangat bervariasi. Sementara 205 yurisdiksi telah berbagi urutan dengan GSAID, lebih dari setengahnya telah mengurutkan dan membagikan kurang dari 1% dari total kasus mereka.

Iklan

Selama dua tahun terakhir, laboratorium di seluruh Inggris telah menyempurnakan proses pengumpulan dan analisis sampel COVID-19 hingga menyerupai strategi manufaktur tepat waktu. Protokol khusus mencakup setiap langkah — mulai dari usap hingga urutan hingga pelaporan — termasuk sistem untuk memastikan bahwa persediaan berada di tempat yang tepat pada waktu yang tepat untuk menjaga agar pekerjaan tetap berjalan.

Itu telah membantu memangkas biaya menganalisis setiap genom hingga 50% sekaligus mengurangi waktu penyelesaian dari sampel ke urutan menjadi lima hari dari tiga minggu, menurut Wellcome Sanger.

Meningkatkan kapasitas pengurutan seperti membangun saluran pipa, menurut Dr. Eric Topol, ketua kedokteran inovatif di Scripps Research di San Diego, California. Selain membeli mesin pengurutan yang mahal, negara-negara membutuhkan pasokan reagen kimia, staf terlatih untuk melakukan pekerjaan dan menafsirkan rangkaian, dan sistem untuk memastikan bahwa data dibagikan dengan cepat dan transparan.

Iklan

Menempatkan semua bagian itu menjadi tantangan bagi AS, apalagi negara berkembang, kata Topol.

Pengurutan genom “sebagai alat pengawasan di seluruh dunia sangat penting, karena banyak dari negara berpenghasilan rendah dan menengah ini tidak memiliki kemampuan pengurutan, terutama dengan waktu penyelesaian yang wajar,” katanya. “Jadi gagasan bahwa ada uluran tangan di sana dari Wellcome Center sangat bagus. Kami membutuhkan itu.”

Di lab canggih Wellcome Sanger, sampel datang terus-menerus dari seluruh negeri. Asisten lab dengan hati-hati menyiapkan materi genetik dan memuatnya ke piring yang dimasukkan ke dalam unit pengurutan yang menguraikan kode DNA unik setiap sampel. Para ilmuwan kemudian menganalisis data dan membandingkannya dengan genom yang diidentifikasi sebelumnya untuk melacak mutasi dan melihat apakah tren baru muncul.

Dengan COVID-19 yang terus bermutasi, prioritasnya adalah memeriksa varian baru yang lebih berbahaya, termasuk yang mungkin resisten terhadap vaksin, kata Harrison. Informasi ini sangat penting dalam membantu para peneliti memodifikasi vaksin yang ada atau mengembangkan vaksin baru untuk memerangi virus yang terus berubah.

Iklan

Harrison memuji Afrika Selatan atas karyanya pada varian omicron yang sangat menular dan dengan cepat berbagi penelitiannya dengan otoritas internasional. Sayangnya, banyak negara kemudian membatasi perjalanan ke Afrika Selatan, sehingga merugikan ekonominya.

Harrison mengatakan negara-negara berkembang harus didorong untuk mempublikasikan data varian baru tanpa takut dampak ekonomi karena menghukum negara-negara seperti Afrika Selatan hanya akan menghambat berbagi informasi yang diperlukan untuk memerangi COVID-19 dan pandemi di masa depan.

“Kuncinya, jelas, adalah pengawasan rutin yang konstan ini,” katanya. “Dan saya pikir langkah terpenting sekarang adalah meningkatkannya secara global.”

Untuk saat ini, itu juga berarti banyak pekerjaan, setiap hari, untuk berjaga-jaga. Tapi kewaspadaan seperti itu ada manfaatnya, kata Tristram Bellerby, manajer lab.

“Senang melihat bahwa pekerjaan kami berharga dalam menemukan varian baru ini,” katanya. “Saya berharap pada titik tertentu itu bisa membantu kita keluar dari situasi yang kita alami ini.″

Iklan

___

Ikuti semua cerita AP tentang pandemi di https://apnews.com/hub/coronavirus-pandemic.

Hak Cipta 2022 The Associated Press. Seluruh hak cipta. Materi ini tidak boleh dipublikasikan, disiarkan, ditulis ulang, atau didistribusikan ulang tanpa izin.

Posted By : togel hongkonģ malam ini